自動三重純水蒸餾器的清洗嚴重影響著儀器的正常運行和使用壽命。
在蒸餾一段時間后水垢就積聚在橫式燒瓶內及石英加熱管表面上，這時需要進行清洗，清洗的次數主要視自來水的硬度和使用時間而定，如儀器長時間不進行清洗，要影響蒸餾效果，嚴重的要損壞加熱管并且清洗時間也要延長。
清洗步驟:
1、切斷電源，關上自來水開關移下冷凝管，但不需要拆下皮管。小心加入約10ml濃鹽酸倒入橫式燒瓶內，與瓶內的水稀釋成鹽酸，如積垢較多，鹽酸量可多一些。
2、數分鐘后，由水位器放出，然后用自來水沖洗數次，為了清除微量鹽酸，可將燒瓶前后搖動使不易清洗的死角。也沖洗清潔為止。
3、當再次蒸餾后.開始10分鐘內所蒸餾的水，舍去不用。
